- Igusa
- Inaridai
- Mito
- Tado-ul de jos
- Tado-ul de sus
- Shiboguchi
- Kayama
Perioada timpurie şi cea de mijloc au cunoscut o explozie a populaţiei, aşa cum indică numărul de aşezări din această perioadă. Aceste două perioade s-au desfăşurat în timpul Optimum-ului climatic din Holocen (între 4.000 şi 2.000 î.Hr), cânt temperaturile au fost cu câteva grade celsius mai ridicate decât în prezent iar nivelul mediu al mării a fost mai ridicat cu 5-6 metrii. Realizări artisitce minunate, cum ar fi puetnic decoratele vase "înflăcărate", au rămas din această perioadă. După 1.500 î.Hr climatul s-a răcit, iar populaţia pare să se fi contractat dramatic. Conparativ, doar câteva situri arheologice pot fi întâlnite după 1.500 î.Hr.
Jomon-ul timpuriu este prima etapă a perioadei Jomon a preistoriei japoneze. Perioada Jomon în sine s-a desfăşurat între 10.000 şi 300 de ani î.Hr, prima etapă durând între 4.000 şi 3.000 î.Hr. Jomon-ul timpuriu este caracterizat de un nivel ridicat al mării (cu 2-3 metrii mai ridicat decât în prezent) şi o creştere semnificativă a populaţiei. Perioada a cunoscut o creştere a complexităţii a structurii bordeielor, cea mai comună locuinţă în acea vreme.
Jomon-ul târziu a cuprins o perioadă a istoriei între anii 2.000 şi 1.000 î.Hr, în timp ce Jomon-ul ultim s-a întins între 1.000 şi 300 de ani î.Hr.
Pe la sfârşitul perioadei Jomon, conform studiilor arheologice, a avut loc o schimbare lentă. Noi veniţi de pe continent se pare că au invadat Japonia din vest,a ducând cu ei noi tehnologii, cum ar fi cultivarea orezului şi metalurgia. Aşezările noilor veniţi se pare că au co-existat pentru o perioadă cu cele ale jomon-ilor. Sub aceste influenţe culturile incipiente ale jomon-ilor au evoluat în culturi sofisticate de orez. Multe alte elemente ale culturii japoneze pot proveni din aceatsă perioadă, şi reflectă o migraţie amestecată, atât a locuitorilor din nordul continentului asiatic, cât şi din zonele de sud ale Pacificului. Printre aceste elemente se numără religia shinto, obiceurile de nuntă, stilurile arhitecturale şi progresele tehnologice, ca de pildă obiectele lăcuite, textilele, arcurile laminate, obiectele de metal şi fabricarea sticlei. Perioada Jomon este succedată de cea Yayoi, cu excepţia insulei Hokkaido, unde este succedată de perioada Zoku-Jomon (post-Jomon). Perioada Zoku-Jomon este succedată în preajma secolului al şaptelea de cultura Satsumon.
Perioade principale
Jomon-ul mijlociu (3.000-2.000 î.Hr)
- Katsusaka/Otamadai,
- Kasori E1,
- Kasori E2.
- Horinouchi,
- Kasori B2,
- Angyo 1
Regiunea Tohoku
- Oubora B
- Oubora BC(Ōfunato, Iwate)
- Oubora C1
- Oubora C2
- Oubora A
- Oubora A'
- Angyo 2(Kawaguchi, Saitama)
- Angyo 3